1976年入盟的馬刺隊是NBA的“插班生”，在90年代由於兩位狀元秀大衛-羅賓遜和蒂姆-鄧肯的先後加盟，使球隊實力得到了兩次質的飛躍，以他們為核心的“雙塔戰術”造就了一支獨特且強大的內線，這也為球隊帶來了1999年度NBA總冠軍。

　　曆史上，在“冰人”喬治-格文的率領下，馬刺隊以其出色的進攻力逐漸成為NBA的一支勁旅，並於82年和83年兩次闖入西部決賽，但兩次都敗給了由“魔術師”約翰遜領銜的洛杉磯湖人隊。

　　焦急的馬刺隊經過兩年漫長的等待，終於盼到了87年選中的狀元秀“海軍上將”大衛-羅賓遜從海軍服役歸來。球隊也連續兩年位列中西區頭名，新人王羅賓遜當之無愧地進入西部全明星陣容。這位超級中鋒7次入選NBA最佳陣容和最佳防守陣容，10次入選全明星陣容，並成為NBA曆史上50位巨星之一。

　　由於傷病原因，1997年球隊成績跳水，僅20勝62負。但曆史在馬刺隊重現，球隊又得到了一位狀元秀“石佛”蒂姆-鄧肯，並迎來著名教練格雷格-波波維奇。1999年NBA因勞資糾紛一度停擺，常規賽也由82場縮水為50場，“雙塔”帶領馬刺隊捧得球隊曆史上第一座總冠軍獎杯，鄧肯成為了總決賽MVP。

　　進入21世紀，隨著帕克和吉諾比利等名將的加盟，馬刺逐漸成為聯盟中實力最強的球隊。而2003年，馬刺更是在西部半決賽中擊敗了“OK"組合率領的湖人隊，並4－2擊敗網隊，奪得總冠軍。2005年，馬刺在總決賽中與同樣以防守著稱的活塞隊鏖戰七場，最終艱難奪得了七年中的第三個總冠軍。2007年，馬刺在總決賽橫掃騎士，奪取了九年中第四座總冠軍獎杯，正式標誌著“馬刺王朝”的誕生。2014年，馬刺在總決賽中以4比1輕取熱火隊，第五次奪得NBA總冠軍。

　　2016年7月11日，蒂姆·鄧肯正式宣布退役，結束了長達19年的NBA生涯。2018年7月，托尼-帕克正式簽約黃蜂隊，結束17個賽季的馬刺生涯。8月28日，為馬刺隊效力16年，幫助球隊贏得四座NBA總冠軍的老將馬努·吉諾比利正式宣布退役。2019年9月21日，前NBA球員蘭德裏-菲爾茲將就任馬刺發展聯盟球隊總經理一職。