1905年佩魯賈足球隊在同弗特不拉西奧隊合並之後成立了現在的佩魯賈俱樂部。在當初的主席斯圖爾特的領導下，佩魯賈隊參加了建隊以來的首次足球賽事――1908年的大學錦標賽，並取得了第四名的成績。佩魯賈俱樂部是當初創辦正式足球聯賽的積極倡導者，在這方麵他們可以稱得上是意大利足球的先驅。

　　1914年俱樂部新任主席安東尼奧將隊名更改為佩魯賈社會競技隊。由於經營不善，安東尼奧在這個位置上沒有能夠呆多久便引咎辭職。而他的兩位繼任者――吉瑟皮·帕蒂奇和羅西·斯格蒂同樣也沒有能夠整治好千瘡百孔的俱樂部。球隊隻是在投資商馬裏奧·安格洛尼的入主後才逐漸恢複了元氣，同時他設計出了佩魯賈隊紅白色的出場隊服，不久之後這兩種顏色就正式成為了俱樂部的標誌色。

　　1922年，重整河山的佩魯賈隊參加了當年的意大利足球乙級聯賽，並於三年之後擠身意甲行列。在迎戰他們的首個意甲對手羅馬隊時，不堪一擊的佩魯賈隊被羅馬無情地9：1淩辱，涉世不深的球隊終於切身體會到了江湖的險惡，佩魯賈隊隻在意甲聯賽停留了短短的一個賽季便跌入了乙級。

　　1928年布伊托尼食品集團的總裁布魯諾·布伊托尼接手了佩魯賈俱樂部。在他強大的財政支持下，球隊的戰績開始逐漸出現起色，1932－1933賽季佩魯賈隊終於以乙級聯賽亞軍的身份重返意甲賽場。但不幸的是，噩夢再度上演，他們僅僅支撐了兩個賽季便終因實力不濟再度回到了乙級聯賽之中。

　　接下來的歲月對於球隊來說可謂不堪回首，二戰結束後佩魯賈隊沒有像別的一些球隊那樣抓住發展的大好契機擠身強隊之林，反而厄運附體一般地開始了他們難以遏止的下滑道路。戰爭結束不久之後，佩魯賈隊便跌入了丙級聯賽的深淵並長期身陷囹圄之中。球隊在經過了漫漫黑夜之後終於在1966－1967賽季看見了一絲曙光並於這個賽季擺脫了丙級聯賽的夢魘，這主要歸功於佩魯賈隊主教練安格洛·馬澤蒂的英明領導。

　　但起步的階段對於爬坡的佩魯賈隊來說非常艱難，直到1975年球隊才經過了艱苦卓絕的奮鬥之後終於升入了意甲賽場，球隊在主教練伊拉裏奧·卡斯塔格內爾的率領之下贏得了當年的乙級聯賽冠軍。俱樂部主席弗蘭科阿托馬和主力球員馬孔切尼、那皮、瓦尼尼、阿曼塔、索裏爾、弗洛西奧以及一群斬露頭角的年輕球員也都攻不可沒。在接下來的連續五個賽季之內，佩魯賈隊經受住了意甲豪強們的嚴峻考驗，

　　1978－1979賽季他們甚至取得了聯賽亞軍的優異成績，同時他們史無前例地創下了一個賽季保持不敗的驕人戰績（11勝19平），這期間球隊一直由功勳教練卡斯塔格內爾執掌帥位。

　　然而即便這個發展的黃金時期對於佩魯賈隊也並非歌舞升平的。球隊一名極有天賦的年輕球員雷納托·古力不幸英年早逝，這也成為了俱樂部一筆難以估量的損失。在1977年10月30日主場同尤文圖斯隊的比賽進行到下半場時，原本生龍活虎並不斷給對手造成極大威脅的古力卻沒有抵擋住心髒病的突然襲擊轟然倒在了他為之奮鬥的綠茵場上，一個小時後不治而亡，一個才華橫溢的未來之星就這樣湮沒在塵世之中。但古力的名字卻永遠地留在了鍾愛他的球迷心中，俱樂部將體育場命名為雷納托·古力球場以緬懷這位犧牲在戰鬥崗位上的佩魯賈球員。

　　1981年佩魯賈隊再度跌入乙級聯賽，隨後一係列的打擊接踵而來，他們甚至一度滑落到丁級行列（C2），一窮二白的球隊從此便開始了漫長的爬坡路程。球隊經過各種“努力”曾經打回了丙級行列，但事後被查出俱樂部主席高奇在比賽前曾經用一匹良種馬賄賂當值主裁判，於是球員們的辛苦努力都化為烏有。

　　隨後的歲月對於佩魯賈球迷也許並不陌生，球隊的沉沉浮浮早已令他們習以為常。1995－1996賽季在贏得了乙級聯賽第三名的成績之後，佩魯賈隊重新返回了朝思暮想的意甲賽場，賽季結束該隊再次降級，但一年後該隊便再次重返甲級賽場，如今經過幾個賽季的磨煉，該隊在意甲賽場已經站穩的腳跟。

　　佩魯賈這兩年在亞洲的名聲甚響，原因是俱樂部1999/2000賽季成功的引進了日本中場球員中田英壽，並把他塑造成世界級球星，隨後成功的賣給意甲豪門羅馬，大賺了一筆。本賽季佩魯賈試圖故伎重演，招入了中國球員馬明宇，也許是馬兒自己不爭氣，也許是主帥科斯米一直不相信中國球員，最終馬明宇沒有踢上一場正式比賽便回到了四川全興，使得中國人圓意甲夢的希望化為烏有。