南通支雲前身是2014年成立的廣西龍桂達。2015年12月31日，俱樂部變更工商注冊，北遷江蘇省南通市，並更名為南通支雲足球俱樂部。2018年10月27日，在中國足球乙級聯賽半決賽中，南通支雲以總比分1-0擊敗陝西大秦之水，成功打進決賽，並成功升入中甲聯賽。
球隊主教練謝暉在球員職業生涯期間還曾經效力過多支德國乙級球隊。2009年退役後他在上海申花擔任助理教練兼新聞發言人。2017賽季開始，他在上海上港擔任助理教練，輔佐新任主教練博阿斯。在2020年開始便擔任南通支雲的主教練。
南通支雲在第二階段戰罷，排名梅州賽區第二，中甲第7名。
南通支雲在足協杯中的最好成績便是在2018年打到了第五輪，最終在點球大戰中負與四川九牛。
球隊前鋒查加斯是球隊中進球最多的球員，本賽季代表球隊出場18次聯賽打進6球。
南通支雲在本賽季和黑龍江冰城的兩次交鋒中取得了1勝1平的戰績，稍稍占據優勢。